Existe un comando que permite gestionar cuentas de correo por líneas de comandos.

Para crear usuarios deberemos de hacer lo siguiente (este comando se tiene que hacer con el usuario admin que hemos configurado).

sudo prosodyctl adduser admin@domain.tls

Cambiar contraseña de un usuario:

sudo prosodyctl passwd admin@domain.tls

Eliminar un usuario:

sudo prosodyctl deluser admin@domain.tls

Consultar configuración de Prosody:

sudo prosodyctl check

Fuente: https://mgw.dumatics.com/prosody-behind-apache-on-debian-stretch/